آموزش علوم پزشکی در ایران از دوران باستان با رویکرد شاگردپروری آغاز شد و در قرن نوزدهم با تأسیس دارالفنون وارد مرحله مدرن شد. این تحول را می‌توان در سه دوره تاریخی بررسی کرد:دوره اول شروع آموزش پزشکی مدرن با دارالفنون و ورود پزشکان اروپایی و ترجمه متون پزشکی و آموزش به سبک غربی بود. در این دوره فقدان نظام منسجم و بیمارستان های آموزشی چالش های اصلی بودند. دوره دوم با تأسیس دانشکده پزشکی دانشگاه تهران و گسترش آموزش تخصصی و توسعه منطقه‌ای دانشکده‌ها در شهرهای بزرگ همراه بود. در این دوره تمرکز بر آموزش نظری و ضعف در مهارت‌های ارتباطی به عنوان چالش های اساسی مطرح بودند. دوره سوم پس از انقلاب اسلامی ایران شروع شد که با ادغام آموزش علوم پزشکی در نظام سلامت و افزایش ظرفیت پذیرش دانشجو همراه بود. در این دوره رشد بین‌المللی دانشگاه‌ها و توجه به کیفیت آموزش از اهمیت ویژه ای برخوردار بود ولی چالش هایی نظیر کمبود منابع مالی، مهاجرت نخبگان، عدم تطابق آموزش با تحولات نوین پزشکی هنوز برطرف نشده اند. در ده سال اخیر طرح تحول و نوآوری در آموزش علوم پزشکی، الگوی شش وجهی تعالی دانشگاه ها و برنامه عدالت، تعالی و بهره وری در آموزش علوم پزشکی در صدد ارائه مدل حکمرانی قابل قبول در آموزش علوم پزشکی بوده اند که توفیقاتی در بین المللی سازی آموزش علوم پزشکی، پاسخگویی اجتماعی، تعهد حرفه ای، مدیریت کیفیت آموزش علوم پزشکی، اعتباربخشی، ارتقا روش های یاددهی-یادگیری، همگرایی علوم و فناوری، کارآفرینی، ماموریت گرایی دانشگاه های علوم پزشکی و مرجعیت علمی داشته اند ولی برای حکمرانی آموزشی قابل قبول نیاز به آینده نگاری رشته های علوم پزشکی و کاربردی کردن آن ها و مهارت محور کردن برنامه های درسی مشاهده می شود.