زمینه و هدف: عملکرد مراکز مطالعات و توسعه آموزش علوم پزشکی و دفاتر زیر مجموعه آن‌ها، ارتباط مستقیم با سرعت پیشرفت و کیفیت آموزش پزشکی در دانشگاه‌های علوم پزشکی و مراکز آموزشی درمانی تابعه آن‌ها دارد. این مطالعه با هدف بررسی چالش‌های مراکز و دفاتر مذکور مبتنی بر شرح وظایف انجام شد.
روش بررسی: مطالعه به روش کیفی انجام شد. برای جمع‌آوری داده‌ها از روش اسناد و مدارک و برای تحلیل داده‌ها از روش تحلیل چارچوب استفاده شد. شرکت‌کنندگان 421 نفر از مدیران، کارشناسان و سایر اعضاء مراکز و دفاتر دانشگاه‌های علوم پزشکی و 55 دانشگاه علوم پزشکی سراسر از کشور بود.
یافته‌ها: از تحلیل داده‌ها در مراکز مطالعات نُه موضوع اصلی، 21 چالش با 81 زیرمجموعه و در دفاتر توسعه آموزش شش موضوع اصلی، 15 چالش با 43 زیرمجموعه استخراج شد. پرتکرارترین زیرمجموعه به طور مشترک در مراکز و دفاتر توسعه، کمبود نیروی متخصص آموزش پزشکی مربوط به موضوع اصلی ساختار و تشکیلات و چالش ضعف در طراحی و تدوین ساختار سازمانی عملیاتی مورد نیاز برای تحقق شرح وظایف بود.
نتیجه‌گیری: استخراج تعداد 36 چالش با 124 زیرمجموعه در مراکز مطالعات و توسعه آموزش علوم پزشکی و دفاتر وابسته به آنها مشخص کرد مسیر حرکت توسعه آموزش و کیفیت آن در دانشگاه‌های علوم پزشکی نیاز به ترمیم دارد. ضرورت دارد راهکارهای تخصصی برای رفع چالش‌ها ارائه و شرح وظایف مراکز و دفاتر بازبینی گردد.